Что тут обсуждать с другими пользователями? Активность в теме низкая (хотя странно, многие просили Интернет-магазин в студию!).
Предложение по созданию счета-фактуры при синхронизации довольно грамотное (если проводить сразу другими документами, то посыпятся просьбы об обратном, как мне кажется). Впрочем возможных вариантов много.
*метки не надо трогать. Возможно, не стоит задействовать и уже существующие поля (благо УкрСклад позволяет использовать их для чего угодно и многие их используют).
А как вам такая бредовая мысль (разработчикам): Может быть создать новый тип документа в программе? Позволит внести без ущерба для текущего способа ведения необходимый набор параметров, создать возможность ограничения на подобное расширение (Типа версия e-УкрСкладПро) и т.д. Хотя, мне сложно оценить объем работы для такого функционала.